Ang huling apat na episode ng The Clone Wars ay nagaganap kasabay ng Revenge of the Sith, ang huling pelikula ng Star Wars prequel trilogy. Kabilang dito ang Order 66 at ang pagbagsak ng Jedi Order.
Isang hindi kilalang aspeto ng Star Wars ay kung paano nakaligtas ang paborito ng fan na si Ahsoka Tano sa Order 66. Ang huling dalawang episode ng serye ay nagpapakita kung paano nakatakas si Ahsoka.
Shattered
Sa ikasiyam at ikasampung yugto ng season, nagtakda si Darth Maul ng bitag na naglalayong patayin si Anakin Skywalker bago siya maibalik ni Darth Sidious sa madilim na bahagi. Gayunpaman, abala si Anakin sa pagliligtas kay Chancellor Palpatine mula kay General Grievous gaya ng inilalarawan sa pambungad na sequence ng Revenge of the Sith. Kaya hinarap ni Ahsoka si Maul sa halip. Ang ikasampung episode ay nagtatapos sa pagkuha kay Maul.
Ang Series show runner na si Dave Filoni ay nagsabi sa Entertainment Weekly, "Ang isang bagay na matagal ko nang gustong gawin ay ang wakasan ang Clone Wars na ito ay magkatugmang kuwento na naglalarawan kung saan ang ilan sa mga taong ito ay wala sa the films are. Because I think that alone is a valid question: Where were these guys? Parang importante si Ahsoka, kaya inimbitahan siyang sumali sa Sith? Nasaan si Rex? Pakiramdam ko kailangan niyan ng sagot dahil sila, pagkatapos ng napakaraming yugto at kwento, halatang malaking bahagi ng buhay nina Anakin at Obi-Wan."
Sa ikalabing-isang episode, na pinamagatang "Shattered, " sinubukan ni Ahsoka na dalhin si Maul sa Coruscant kasama ang isang clone commander na nagngangalang Rex at isang batalyon ng clone troopers. Marami pang mga link sa Revenge of the Sith ang nagaganap. Isang eksena mula sa pelikula ay muling nilikha; sa eksena, tinalakay nina Mace Windu at Yoda si Palpatine at inalis siya sa pwesto pagkatapos ng pagkatalo ni General Grievous kasama ang iba pang miyembro ng konseho ng Jedi. Ang eksena ay pinalawak ng sumunod na talakayan kay Ahsoka.
Habang naglalakbay pa rin sa kalawakan, kapwa naramdaman nina Ahsoka at Maul ang pagbagsak ng dating amo ni Ahsoka. Ang aktuwal na dialogue recording mula sa Revenge of the Sith kasama sina Hayden Christensen, Samuel L. Jackson at Ian McDiarmid bilang kani-kanilang mga karakter na gumaganap sa eksena.
Kasunod ng turn ni Anakin, in-activate ng Sidious ang Order 66. Ang mga inhibitor chip ay inilagay sa bawat clone trooper. Kapag idineklara ang Order 66, napipilitan silang patayin ang bawat Jedi laban sa kanilang sariling kalooban. Kapag naibigay na ang order, sinalakay ni Rex at ng kanyang mga clone si Ahsoka.
Tagumpay at Kamatayan
Kapag naibalik ang malayang kalooban ni Rex, sinubukan ng dalawa na takasan ang Republic cruiser sa finale ng serye na pinamagatang "Victory and Death." Ito ay ginawang mas kumplikado ni Maul na sumisira sa hyperdrive ng barko. Ginagawa nitong halos walang silbi ang cruiser dahil hinihila ito ng gravity ng buwan.
Habang ang cruiser barrels patungo sa ibabaw ng buwan, si Maul ay tumakas gamit ang isang shuttle na malamang sa Outer Rim kung saan siya ay nakilala bilang Crimson Dawn na makikita sa Solo: A Star Wars Story.
Gumagamit sina Rex at Ahsoka ng Y-Wing para ligtas na mapunta sa ibabaw ng buwan habang nag-crash ang cruiser na pinapatay ang lahat ng clone sa barko. Inilibing ng dalawa ang kanilang mga nahulog na kasamahan at iniwan ni Ahsoka ang kanyang light saber sa libingan.
Nagtatapos ang episode sa isang batalyon ng mga storm trooper na nagsi-survey sa crash site na nababalot na ngayon ng snow. Kasama nila si Darth Vader. Nahanap ni Vader ang lightsaber ni Ahsoka; ang niregalo niya sa kanya sa "Old Friends Not Forgotten," ang ikasiyam na episode ng huling season.
Sinabi ni Filoni sa ABC News, "Sana umalis ang mga tagahanga mula sa isang antas na lubos na nasisiyahan, at umaasa akong umalis sila nang may higit na pang-unawa, lalo na sa Jedi at sa puwersa at kung ano ang ibig sabihin ng lahat ng ito sa kuwentong ito. Talagang tungkol ito sa mga character sa huli."
Pagkatapos ng Clone Wars
Ang kuwento ni Ahsoka ay nagpatuloy pagkatapos ng serye. Ang nobelang Ahsoka, na isinulat ni E. K. Johnston, sinundan ang paglalakbay ni Ahsoka isang taon pagkatapos ng Order 66 at ikinuwento kung paano niya nakilala si Bail Organa, ang ampon ni Leia, at sumali sa rebelyon.
Lumalabas ang Ahsoka sa unang dalawang season ng Star Wars Rebels na nagaganap 14 na taon pagkatapos ng The Clone Wars bilang isang ahente ng rebelde. Sa ikalawang season, natuklasan ni Ahsoka ang katotohanan na ang kanyang dating amo, si Anakin Skywalker, ay si Darth Vader. Nag-away ang dalawa at naging malabo ang kapalaran ni Ahsoka. Gayunpaman, sa ika-apat na season, ipinahayag na si Ahsoka ay iniligtas ni Ezra, ang pangunahing karakter ng serye. Nabubuhay si Ahsoka upang makita ang katapusan ng imperyo.
Nagkaroon ng voice cameo si Ahsoka sa The Rise of Skywalker at napapabalitang lalabas sa ikalawang season ng The Mandalorian.
